La Plateforme de Gestion des Echantillons Biologiques (PGEB) a été créée en 2010 afin de regrouper les moyens techniques et humains au service de la recherche fondamentale, translationnelle et clinique.

Elle assure la gestion des échantillons dans le cadre de :

• Diagnostic: conservation de tissus congelés
• Centre de Ressources Biologiques : collection institutionnelle et essais cliniques de promus par le CLB
• Mise à disposition de tissus frais: avec l’aide de la Plateforme Ex-vivo
• Essais cliniques de promotion externe
• Préparation de produits dérivés (ADN, ARN)
• Hébergement de collections externes : UNICANCER, MESOBANK, SHARE4kids.

Personnels

Une équipe de 20 personnes sous la responsabilité scientifique de Séverine Tabone-Eglinger, assure au quotidien l’activité de la plateforme.

Espace

330 mètres carrés répartis sur deux niveaux : deux laboratoires, pièces d’extraction et deux salles de stockage qui comportent 15 cuves d’azote liquide ou gazeux ainsi que 17 congélateurs.

Expertises

• Préparation de matériel sanguin (sérum, plasma, plasma CtDNA…)
• Extractions de produits dérivés (ADN, ARN) à partir de tout type d’échantillons
• Purification de cellules mononuclées – PBMC (sang ou moelle), tri magnétique CD34+
• Contrôles qualité sur les échantillons : viabilité de cellules, pourcentage de cellules tumorales, qualité ADN/ARN, stabilité ADN…
• Conservation d’échantillons (azote, -80°C ou ambiant contrôlé) dans des conditions maîtrisées et tracées
• Mise à disposition d’échantillons de qualité au niveau national et international (IATA)
• Gestion d’échantillons dans le cadre d’essais cliniques

En 2022, la collection institutionnelle permet de conserver près de 80 000 échantillons (pour 300 000 tubes) répartis ainsi :

• Tumorothèque : 8 000 échantillons
• Sérothèque : 45 000 échantillons
• Produits dérivés : ADN, ARN, … 22 000 échantillons
• Autres: blocs FFPE, Lames, …

Les collections hébergées :

• UNICANCER : 69 100 échantillons (169 700 tubes)
• Mesobank : 900 échantillons (5 000 tubes )

Découvrez les collections hébergées par type de pathologies cancéreuses

Collaborations et projets de recherche 

CRCL: la PGEB fait partie des plateformes technologiques sur lesquelles s’appuient les équipes de recherche du CRCL. La plateforme met à disposition des échantillons biologiques pour plusieurs projets de recherche menés par ces équipes (BILI, PDC, LIBIL, CALME…) et participe aux programmes de médecine personnalisée issu du LYriCAN (label Inca) : Profiler, MOST, PLANET,… et aux projets européens: Tumador, EURACAN,… RHU: DEPGYN, CONDOR, BETPSY, MYPROBE,…

Collaborations

• UNICANCER : hébergement de la collection et préparation des échantillons pour de nombreux projets (SAFIR-02, TRACER-X, TOP-UP,…)
• Le Centre International de Recherche sur le Cancer (CIRC-IARC): projets de recherche LUNGNENOMICS, MESOMICS…
• MESOBANK : hébergement de la collection et préparation des échantillons (Biomaps2, TALAMESO,…)

La PGEB est certifiée selon les normes AFNOR NF S96-900 (depuis 2009) et ISO 9001 (depuis 2013).

Elle fait partie de plusieurs réseaux de biobanking au niveau national et international :

• Le réseau français des Centres de Ressources Biologiques, Club 3C-R, qui lui attribue le label de CRB de performance optimisée depuis 2020.
• Biosample Hub, Human Biospecimens For Research
• European, Middle Eastern and African Society for Biopréservation and biobanking (ESBB)
• Biobanking and BioMolecular resources Research Infrastructure (BBMRI)

• Nombre d’échantillons entrés en 2022 : 40 705
• Nombre d’échantillons sortis en 2022 : 13 946
• Niveau de satisfaction : 84,57%
• Mise à disposition d’échantillons de la collection institutionnelle : 2279 échantillons en 2022
• 60 Publications pour lesquelles la PGEB a contribué 

La base clinico-biologique (BCB) de la MESOBANK labellisée par l'INCA a pour objectif de mettre à disposition des données clinico-biologiques issues de mesothéliomes à des fins de recherche, afin accroitre nos connaissances fondamentales dans le mesothéliome et permettre le transfert en pratique clinique des avancées récentes, et améliorer ainsi leur prise en charge et leur survie.

Cette BCB rassemble les annotations épidémiologiques, cliniques et biologiques de tous les prélèvements dont le diagnostic a été certifié selon la procédure standardisée collégiale du réseau Inca NETMESO MESOPATH.

Elle est quasiment exhaustive pour tous les cas de mésothéliomes diagnostiqués en France, avec des annotations qui proviennent également de Santé Publique France (programme PNSM).

La collection comprend plus de 27 000 blocs FFPE (avec HES scannées associées, immunohistochimies, parfois données de RNAseq) et 5 000 prélèvements congelés (sur le site CRB du CLB) ainsi qu’une tumorothèque virtuelle nationale de prélèvements congelés et une cellulothèque (resp D Jean).

Pour plus d’information, concernant Mesopath et la Mesobank vous pouvez consulter le site internet du Réseaux NetMeso :

//www.mesoclin.fr/mesoclin/mesopath-et-mesobank

Le traitement des données concernant la Mesobank est également disponible sur le site :

https://mesdonnees.unicancer.fr/Mesobank.